Οι δύο σημαντικές "ιδιαιτερότητες" που παρουσίαζαν τα αρχαία Μέγαρα.

Μνημειώδη γλυπτική της Κυβέλης, η οποία στο αριστερό χέρι κρατάει τύμπανο, ενώ στο δεξί κρατούσε Φιάλη, από τη πόλη των Μεγάρων.

Σαν τους αρχαιότερους κάτοικους στη παράδοση των Μεγάρων αναφέρονται οι Κάρες και οι Λέλεγες. 

Ενώ εγκαταστάθηκαν οι Μυκηναίοι και αργότερα οι Ίωνες. Όστρακα από κεραμικά της παλαιότερης αυτής περιόδου (Πρωτοελλαδικά ΙΙ περίοδος) βρέθηκαν στη Νίσαια, επίνειο της πόλης στα νότια, όπου σύμφωνα με την παράδοση υπήρχε και ο τάφος του Λέλεγος. Η ίδια παράδοση αναφέρει ως πρώτο βασιλιά τον Κάρα, γιο του Φορωνέα από το Άργος. Μετά από ένα ‘’σκοτεινό’’ χάσμα 12 γενεών ακολούθησαν άλλοι 9 βασιλείς με τελευταίο τον Υπερίονα.

Η παρακμή του μυκηναϊκού πολιτισμού ξεκίνησε σταδιακά από τα τέλη του 13ου αιώνα π.Χ. Και γύρω στο 1200 π.Χ. μαρτυρούνται αρχαιολογικά καταστροφές στα μεγάλα κέντρα της Πελοποννήσου και της κυρίως Ελλάδας με συνέπεια οι αναστατώσεις αυτές να προκαλέσουν τη συρρίκνωση του πληθυσμού στην ενδοχώρα. Η ολοκληρωτική καταστροφή των ανακτόρων στα χρόνια μεταξύ 1150 και 1050 π.Χ. σηματοδότησε το τέλος της μυκηναϊκής εποχής.

Έτσι, με τη συνομοσπονδία των εννέα κωμών της Ηραίας, Περαίας, Οινόης, Τριποδίσκου, Αιγιρούσες, Κυνοσούρας, Αιγόσθενα, Πάνορμου και Μεγάρων, τα οποία εκείνη την εποχή ονομάζονταν Νίσσα, (από τον βασιλιά Νίσο, γιό του Πανδίων) γύρω στον 10ο -9ο  αι. π.Χ., ιδρύεται η χώρα της Μεγαρίδας με ‘’πρωτεύουσα’’ τη πόλη των Μεγάρων.

Αγγεία από τους κιβωτιόσχημους τάφους, που βρέθηκαν δυτικά των Μεγάρων, του τέλους του 8ου αι. π.Χ.

Τα παλαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα από αυτή την εποχή της συνένωσης της Μεγαρίδας χώρας, είναι οι θεμελιώσεις ενός μεγάλου κτίσματος, που βρέθηκε στο νότιο τμήμα της αρχαίας αγοράς της πόλεως των Μεγάρων. Και δυτικά της αγοράς, σε απόσταση, κάποιοι  κιβωτιόσχημοι τάφοι που περιείχαν αγγεία του τέλους του 8ου αι. π.Χ.
Η πρώτη αξιοσημείωτη ιδιαιτερότητα που παρουσιάζετε στην αρχαία πόλη των Μεγάρων, ήταν που διέθετε δύο ακροπόλεις, κι είναι ένα ασυνήθιστα ιδιαίτερο οχυρωματικό γεγονός για μία οποιαδήποτε Ελληνική πόλη. Ανατολικά ήταν η ακρόπολη της Καρίας και δυτικά της Αλκάθου. Οι δύο ακροπόλεις ήταν εξίσου περίτεχνα οχυρωμένες. Ενώ τμήματα της οχύρωσης  (της Μυκηναϊκής εποχής) σώζονται μόνο στην ακρόπολη της Αλκάθου. Και που πιθανόν εκεί να βρισκόταν το Μυκηναϊκό ανάκτορο (κατά παράδοση) του Άλκαθου.   
Πάνω σ’ αυτήν ο Παυσανίας αναφέρει την ύπαρξη τριών ναών-ιερών, αφιερωμένων στην Αθηνά, ένα του Απόλλωνος και ένα ακόμη της Δήμητρας Θεσμοφόρου. Το 1934, σχεδόν στο κέντρο της ακρόπολης είχαν αποκαλυφθεί τα λαξεύματα της θεμελίωσης πάνω στον βράχο ενός εξάστυλου περίπτερου ναού μήκους 34,40 μ. της αρχαϊκής περιόδου, που ταυτίστηκε (χωρίς όμως να είναι βέβαιο) με έναν από τους ναούς της Αθηνάς. Στις αρχές της δεκαετίας του 1980, στο ίδιο λόφο και νοτίως της εκκλησίας του Αγίου Δημητρίου, ήρθαν στο φως τμήματα των θεμελιώσεων και ενός άλλου αρχαίου ναού. Οι ενδείξεις για την ακρόπολη της Καρίας είναι ότι ήταν αρχαιότερη, την εποχή της  ‘’Πρωτοελλαδικής ΙΙ΄΄, δηλαδή, από το 2.650 μέχρι 2.200 π.Χ. 
Δυστυχώς, οι κατοικίες των σύγχρονων Μεγαρέων είναι κτισμένες πάνω στις δυο ακροπόλεις και ακόμη σε όλο το έδαφος που κάλυπτε η αρχαία πόλη!
Η αγορά δε, παρουσίαζε και αυτή μια ακόμη ενδιαφέρουσα ιδιαιτερότητα, βρισκόταν νοτιοδυτικά των αρχαίων ακροπόλεων, καθώς εκεί υπήρχαν τα ηρώα, οι τάφοι των βασιλέων και ηρώων, όπως του Κοροίβου, ιδρυτή της κώμης του Τριποδίσκου και του Μεγαρέα ολυμπιονίκη του 720 π.Χ. και αργότερα στρατηγού Όρσιππου, που έτρεξε γυμνός πρώτος σε αγώνα σταδίου.
Στην αρχαία αγορά προπολεμικά είχε ερευνηθεί από τον Ι. Θρεψιάδη και τον Ιωάννη Τραυλό μεγάλο τμήμα της νότιας στοάς του 4ου αι. π.Χ. Πίσω από το προστώον υπήρχαν μια σειρά από μικρά ορθογώνια καταστήματα-γραφεία. Τα τελευταία χρόνια αποκαλύφθηκε αρκετά αποσπασματικά τμήμα του δυτικού άκρου της στοάς αυτής. Και στους υστερορωμαϊκούς χρόνους πάνω στα ερείπια της Αγοράς κτίζονται λουτρά μεγάλων διαστάσεων.